Wiara katolicka, która czci Boga ponad wszystko i wymaga absolutnego oddania, weszła w konflikt z ówczesnym społeczeństwem konfucjańskim, które funkcjonowało jako religia państwowa. W szczególności chrześcijański ideał powszechnej równości kolidował z patriarchalną i feudalną etyką opartą na lojalności i synowskim posłuszeństwie.

Kontrast ten wyraźnie ujawnił się w 1791 roku, w 15. roku panowania króla Jeongjo, w Jinsan w prowincji Jeolla. Yun Ji-chung Paweł spalił tabliczki przodków zgodnie z nauką katolicką podczas żałoby po śmierci swojej matki. Za złamanie rytuałów konfucjańskich (Jujagarye) został skazany na śmierć, a od tego wydarzenia rozpoczęły się systematyczne prześladowania. (W konfucjanizmie kult przodków odbywa się poprzez czczenie tabliczek, na których wyryto imiona zmarłych, symbolizujących ciągłość rodu i wzmacniających solidarność rodzinną). W 1791 roku, podczas prześladowań Shin-hae, Yun Ji-chung Paweł i Kwon Sang-yeon Jakub zostali ścięci. Obaj męczennicy zostali beatyfikowani przez papieża Franciszka 16 sierpnia 2014 r. w Gwanghwamun. Prześladowania w Korei rozpoczęły się w 1785 r. wydarzeniem zwanym „incydentem Eulsa”, kiedy to odkryto odprawianie mszy świętej. Kim Beom-u Tomasz, który był uczestnikiem tego wydarzenia, zginął śmiercią męczeńską w 1786 r.

W ciągu następnych stu lat miały miejsce cztery wielkie prześladowania: Shin-yu (1801), Gi-hae (1839), Byeong-o (1846) i Byung-in (1866). Trwały one w mniejszym lub większym stopniu aż do prześladowań na wyspie Jeju w 1901 r., w których zginęło około 300 męczenników. W ciągu pierwszych stu lat istnienia Kościoła zabito około 10 000 męczenników.

Święty Paweł Chong Ha-sang, przedstawiając wspomnienie Sangjaesangseo, denuncjował niesprawiedliwość rządu i zginął męczeńską śmiercią podczas prześladowań Gi-hae w 1839 roku. Ojciec Kim Tae-gon Andrzej poniósł śmierć męczeńską nad brzegiem rzeki Han w młodym wieku 25 lat podczas prześladowań Byeongo w 1846 roku. Za panowania Daewongona w 1866 r. (prześladowania Byeongin) doszło do najokrutniejszej rzezi w historii Kościoła koreańskiego, w której zginęło 8000 męczenników. Pomimo tej okrucieństwa wierni tworzyli katolickie wioski w odległych górskich dolinach, oczekując dnia, w którym uzyskają wolność religijną. Po wyzwoleniu spod okupacji japońskiej 15 sierpnia 1945 r., pod rządami komunistów wybuchły kolejne straszliwe prześladowania. Księża, zakonnicy i zakonnice zostali aresztowani przez Ministerstwo Ochrony Bezpieczeństwa Państwa i oskarżeni o szpiegostwo, a zwykli wierni zostali uwięzieni pod zarzutem bycia elementami reakcyjnymi. Liczba katolików aresztowanych i zabitych w całej Korei wyniosła około 150 osób. W 1962 r. Stolica Apostolska ustanowiła hierarchię kościelną w Korei, a w 1984 r. 103 męczenników zostało ogłoszonych świętymi przez Jana Pawła II.

Alessio Hwang Sa-yeong zdał egzamin Jinsa (mniejszy egzamin uprawniający do podjęcia kariery urzędniczej) w 1790 roku, w wieku szesnastu lat. Król Jeongjo osobiście wezwał go, aby go pochwalić i obiecał mu stanowisko, gdy tylko skończy dwadzieścia lat. Opowiada się, że król uścisnął mu dłoń, a Hwang Sa-yeong owinął nadgarstek jedwabiem, aby zachować to dotknięcie. Ożenił się z Jeong Nan-ju, córką Jeong Yak-hyeona, starszego brata Jeong Yak-yonga, stając się w ten sposób przybranym bratankiem Jeong Yak-yonga. Stał się również bliskim krewnym Yi Seung-huna i spokrewniony z Jeong Yak-jongiem, kluczowymi postaciami pierwszego Kościoła. W 1791 roku przyjął chrzest i wstąpił do Kościoła. Kiedy prześladowania Shin-hae w październiku księżycowym 1791 roku doprowadziły do apostazji wielu wiernych, on pozostał niezachwiany.

Był przekonany, że katolicyzm jest „dobrym lekarstwem na ocalenie świata” i pozostał wierny swojej wierze. Rezygnacja z rytuałów przodków oznaczała rezygnację z kariery politycznej, ale Hwang Sa-yeong nie przywiązywał wagi do możliwości osiągnięcia sukcesu w świecie, mimo że król Jeongjo zapewnił mu obiecującą karierę. Po przybyciu ojca Jakuba Zhou Wen-mo, Hwang Sa-yeong stał się jednym z jego najbliższych współpracowników i prominentnym członkiem Myeongdohoe, organizacji świeckiej. Po przeprowadzce do Seulu w 1798 r. zaoferował swój dom jako siedzibę jednej z sześciu sekcji Myeongdohoe. W Seulu nauczał doktryny i pisania dzieci wiernych oraz pilnie zajmował się kopiowaniem książek katolickich. Dzięki swojej intensywnej działalności misyjnej w czasie prześladowań Shin-yu był uważany za jednego z najważniejszych przywódców Kościoła. W czasie prześladowań napisał „Baeckseo” (List z białego jedwabiu), aby potępić represje wobec biskupa Gouvea w Chinach i domagać się wolności religijnej.

Ten list prosił nawet o interwencję wojskową Chin Qing, ale nie udało mu się go dostarczyć i został złapany we wrześniu tego samego roku. Został skazany na karę śmierci Neungji Cheosa (rozczłonkowanie lub tortura stu kawałków) poza Bramą Zachodnią, a jego rodzina została unicestwiona karą Myeolmun Jihwa. Matka Yi Yun-hye została zniewolona i wysłana do Geoje-do, a żona Jeong Myeong-ryeon (siostrzenica Jeong Yak-yonga) została wysłana do Daejeong-hyeon na wyspie Jeju. Jego dwuletni syn, Hwang Gyeong-han, został zesłany na Chuja-do, a jego wujek Hwang Seok-pil do Gyeongheung w prowincji Hamgyeong-do. Nawet słudzy i niewolnicy z domu zostali zesłani. Dzień po egzekucji Hwang Sa-yonga jego dom został zburzony, a na jego miejscu wykopano dół, aby stworzyć staw (kara znana jako Pa-ga Jeotaek-hyeong). Prześladowania katolicyzmu nasiliły się. Katolicy, którzy przeżyli, aby uniknąć represji reżimu, ukryli się w głębokich górach łańcuchów Taebaek i Sobaek, w prowincjach Gyeonggi, Gangwon i Chungcheong. Paradoksalnie, to rozproszenie sprzyjało rozprzestrzenianiu się katolicyzmu w całym kraju. W rezultacie Kościół, pierwotnie skupiony wokół intelektualistów, zapuścił korzenie w społeczeństwie w okresie prześladowań Shin-yu.

Twierdza Haemi-eupseong jest miejscem anonimowego męczeństwa, gdzie w ciągu około stu lat zabito trzy tysiące osób. Metody egzekucji były brutalne: powieszenie, ścięcie, pobicie, ukamienowanie, egzekucja z białym papierem, zamarznięcie, Jari-gae-hyeong (uduszenie w macie) i pogrzebanie żywcem, które pochłonęło tysiące ofiar. Zarzut brzmiał: „przestępcy państwowi” (Guksa-beom), skazani za nielegalne działania zagrażające władzy i porządkowi narodowemu. 17 sierpnia 2014 r. papież Franciszek odprawił mszę zamykającą Dzień Młodzieży Azjatyckiej właśnie przy twierdzy Haemi-eupseong.