La fede cattolica che adora Dio sopra ogni cosa e richiede un’adesione assoluta era entrata in conflitto con la società confuciana dell’epoca, che funzionava come religione di Stato. In particolare l’ideale cristiano dell’uguaglianza universale si scontrava con l’etica patriarcale e feudale basata sulla lealta’ e la pietà filiale.

Questo contrasto si manifestò chiaramente nel 1791, nel 15º anno del re Jeongjo, a Jinsan nella provincia di Jeolla. Yun Ji-chung Paolo bruciò le tavolette ancestrali secondo l’insegnamento della dottrina cattolica durante il lutto per sua madre. Per aver violato i riti confuciani (Jujagarye) fu messo a morte, e da questo episodio la persecuzione iniziò in modo sistematico. (Nel confucianesimo il culto degli antenati avviene attraverso la venerazione delle tavolette dove viene scritto il nome del defunto, e simboleggiano la continuita’ della stirpe e rafforzano la solidarieta’ familiare.) Nel 1791 durante la Persecuzione Shin-hae, Yun Ji-chung Paolo e Kwon Sang-yeon Giacomo furono decapitati. I due martiri sono stati beatificati da Papa Francesco il 16 agosto 2014 a Gwanghwamun. La persecuzione in Corea iniziò nel 1785 con l’“Incidente Eulsa” luogo cui fu scoperta una celebrazione di una Messa; Kim Beom-u Tommaso coinvolto nell’episodio, morì martire nel 1786.

Nei cento anni successivi si susseguirono le quattro grandi persecuzioni: Shin-yu (1801), Gi-hae (1839), Byeong-o (1846) e Byung-in (1866). Che continuarono tra grandi e piccole fino alla persecuzione dell’isola di Jeju del 1901 con circa 300 martiri. Nei primi cento anni della Chiesa furono uccisi circa 10.000 martiri.

San Paolo Chong Ha-sang presentando il memoriale Sangjaesangseo, denunciò l’ingiustizia del governo e morì martire durante la Persecuzione Gi-hae del 1839. Padre Kim Tae-gon Andrea subi’ il martirio sulle rive del fione Han alla giovane eta’ di 25 anni durante la perseguzione Byeongo del 1846. Sotto il regno di Daewongon nel 1866 (persecuzione Byeongin) avvenne la strage piu’ feroce nella storia della chiesa coreana con 8000 martiri. Nonostante questa ferocia I fedeli formarono villaggi cattolici in remote valli montane in vista del giorno in cui avrebbero attenuto la liberta’ di religione. Dopo la liberazione dai giapponesi del 15 agosto 1945, sotto il regime comunista scoppio’ un’altra terribile persecuzione. Sacerdoti, religiosi e religiose furono catturati dal Ministero per la Protezine dell Sicurezza dello Stato e furono accusati di spionaggo, mentre I fedeli comuni furono imprigionati con l’acccusa di essere l’elementi reazionari. il numero di cattolici arrestati e uccisi in tutta la Corae fu di circa 150 persone. nel 1962 la Santa Sede stabili’ la Gerarchia ecclesiastica in Corea nel 1984 103 martiri furono fatti santi da Giovanni Paolo II.

Alessio Hwang Sa-yeong superò ottenne la qualifica di Jinsa (l'esame minore per accedere alla carriera di funzionario) nel 1790 all’eta’ di sedici anni. Il Re Jeongjo lo chiamò personalmente per lodarlo e promise di conferirgli una carica non appena avesse compiuto vent'anni. Si racconta che il re gli strinse la mano; Hwang Sa-yeong avvolse allora il polso in seta per conservare quel tocco. Sposò Jeong Nan-ju, figlia di Jeong Yak-hyeon, il fratello maggiore di Jeong Yak-yong, divenendo così nipote acquisito di Jeong Yak-yong. Divenne anche parente stretto di Yi Seung-hun e imparentato con Jeong Yak-jong, figure chiave della prima Chiesa. Nel 1791 ricevette il battesimo ed entrò nella Chiesa. Quando la Persecuzione Shin-hae nell'ottobre lunare del 1791, portò all'apostasia di molti fedeli, egli rimase saldo. Era convinto che il Cattolicesimo fosse una "buona medicina per salvare il mondo" e mantenne ferma la sua fede. Rinunciare ai riti ancestrali significava rinunciare alla carriera politica, e Hwang Sa-yeong non diede importanza alla possibilità di successo nel mondo, sebbene il Re Jeongjo gli avesse assicurato una carriera promettente. Dopo l'arrivo del Padre Giacomo Zhou Wen-mo, Hwang Sa-yeong divenne uno dei suoi collaboratori più stretti e un membro di spicco del Myeongdohoe un'organizzazione laica. Trasferitosi a Seul nel 1798 offrì la sua casa come sede per una delle sei sezioni del Myeongdohoe. A Seul, insegnava la dottrina e la scrittura ai figli dei fedeli e si dedicava diligentemente alla copiatura dei libri cattolici. Con la sua intensa attività missionaria al tempo della Persecuzione Shin-yu, era considerato uno dei leader più importanti della Chiesa. Durante la persecuzione scrisse il "Baeckseo" (Lettera di Seta Bianca) per denunciare la repressione al Vescovo Gouvea in Cina e per chiedere la libertà di fede. Questa lettera chiedeva persino l'intervento militare della Cina Qing ma non riuscì a consegnarla e fu catturato nel settembre di quell'anno. Fu condannato alla pena capitale del Neungji Cheosa (smembramento o supplizio dei cento pezzi) fuori dalla Porta Ovest e la sua famiglia fu annientata con la pena di Myeolmun Jihwa. La madre Yi Yun-hye fu resa schiava e inviata a Geoje-do, la moglie Jeong Myeong-ryeon (nipote di Jeong Yak-yong) fu inviata a Daejeong-hyeon sull'isola di Jeju. Il figlio di due anni, Hwang Gyeong-han, fu esiliato a Chuja-do, e suo zio Hwang Seok-pil a Gyeongheung, nella provincia di Hamgyeong-do. Perfino i servi e gli schiavi di casa furono esiliati. Il giorno dopo l'esecuzione di Hwang Sa-yeong, la sua casa fu abbattuta e fu scavata una fossa per creare uno stagno (una punizione nota come Pa-ga Jeotaek-hyeong). La persecuzione contro il Cattolicesimo si intensificò. I cattolici sopravvissuti per sfuggire alla repressione del regime, si nascosero nelle profonde montagne delle catene del Taebaek e Sobaek, nelle province di Gyeonggi, Gangwon e Chungcheong. Questa dispersione, paradossalmente, promosse la diffusione nazionale del Cattolicesimo. Di conseguenza la Chiesa, in origine incentrata sugli intellettuali, mise radici nella società comune intorno alla Persecuzione Shin-yu.

La Fortezza di Haemi-eupseong è un luogo di martirio anonimo dove tremila persone sono state uccise nel corso di circa cento anni. I metodi di esecuzione erano brutali: impiccagione, decapitazione, bastonature, lapidazione, esecuzione con carta bianca, congelamento, la Jari-gae-hyeong (strangolamento in una stuoia) e la sepoltura da vivi, che contò migliaia di vittime. L’accusa era di essere "Criminali di Stato" (Guksa-beom), giustiziati per atti illegali che minacciavano il potere e l'ordine nazionale. Il 17 agosto 2014 Papa Francesco ha celebrato la Messa di chiusura della Giornata della Gioventù Asiatica proprio presso la Fortezza di Haemi-eupseong.